Beim Abfüllen chemischer und vor allem pharmazeutischer Flüssigkeiten wird oft ein sehr hoher Sauberkeitsgrad gefordert und benötigt. Die Vielzahl an Produkten und Verpackungsformen in dieser Branche erfordert dabei eine große Bandbreite an hygienischen Maßnahmen, die zu einem einwandfreien und sauberen Produkt im Sinne von Gesundheit und Verbraucherschutz führen müssen. Trotz dieser Maßnahmen muss die Maschine immer noch flexibel, leicht zugänglich und leicht umstellbar sein, um ohne Probleme bei der Produktion arbeiten zu können.
Das Wort keimfrei findet man in der Verpackungsbranche auch unter der Bezeichnung „Aseptik“. Unter Asepsis versteht man allgemein einen Zustand, der keimfrei ist. Bei einer aseptischen Abfüllung dürfen somit keine Mikroorganismen in das abgefüllte Produkt gelangen.
Ein wichtiges Kriterium für das aseptische Abfüllen ist zunächst der Packstoff, also die Gläser, Flaschen oder Kanister welche befüllt werden sollen. Hier muss besonders auf die Sauberkeit der Behältnisse und hygienische Handhabung bis zur Abfüllmaschine geachtet werden. Je nach Bedarf müssen aufwendige Wasch-, Spül- und Begasungsanlagen vor die Abfüllmaschine gesetzt werden. Im Bereich der Abfüllmaschinen selbst ist besonders darauf zu achten, dass die produktführenden Elemente und Antriebsteile, die leider immer zu einer gewissen Verschmutzung neigen, strikt getrennt sein müssen. Zum einen soll kein Produkt oder Spülmedium in den Antriebsbereich gelangen, zum anderen darf auch keine verschmutzte Luft von Antriebsmotoren, Schmiermittel oder anderen Stoffen mit dem Produkt in Berührung kommen. Weitere Maßnahmen sind zum Beispiel Reinraumeinheiten, bei dem ein Gebläse gereinigte Luft in den Füllbereich drückt. Entsprechend dieser Maßnahmen sind die Maschinenelemente strömungsgünstig anzuordnen, um Luftturbulenzen im Maschinenraum zu vermeiden. Ebenfalls möglich sind so genannte Isolatorräume, in denen kein direkter menschlicher Zugriff möglich ist und bei denen nur über entsprechende Manipulatoren oder an der Maschine befestigten Handschuhen in die Anlage eingegriffen werden kann.
Vor allem Lebensmittel und Getränke können durch Berührung mit Keimen wie Bakterien und deren Vermehrung verderben. Die Kühlung und das Einfrieren verlangsamen diesen Prozess, während man bei der Konservierung Chemikalien verwendet, um Bakterien abzutöten werden bei der aseptischen Abfüllungsmethode die Produkte unmittelbar vor dem Einfüllen im Behälter sterilisiert.
Die Begriffe aseptisch und steril lassen sich nicht eindeutig voneinander differenzieren. Sowohl eine aseptische als auch eine sterile Abfüllung erfolgen unter keimfreien Bedingungen, um die Produkthaltbarkeit zu verlängern. Sterile Gegenstände wie flüssige oder feste Lebensmittelerzeugnisse sind demnach per Definition desinfiziert und von Mikroorganismen befreit. Eine genaue Definition der Sterilität beschreibt die Norm EN 556-1. Neben der Sterilisation des abzufüllenden Produktes, muss die Abfüllverpackung auch sterilisiert und bis zum Zeitpunkt des Kontaktes zwischen dem Produkt und der Verpackung keimfrei gehalten werden. Die Produkte werden mithilfe einer Wärme- oder Strahlenbehandlung abhängig von Produkteigenschaften über einen bestimmten Zeitraum sterilisiert. Eine weitverbreitete Sterilisationsmethode ist zum Beispiel das Ultrahocherhitzen bei frischer Milch, daraus resultierend die H-Milch. Eine Rekontamination, nämlich die Wiederverkeimung der Verpackung oder des Produktes, muss unbedingt ausgeschlossen werden.